El pueblo surge en el año de 1979 fecha en la que se abre la carretera que más tarde unirá a los pueblos de Buenavista y Paccha

: dio origen al nacimiento de una comunidad perteneciente de la parroquia Paccha Cantón Atahualpa.

El nombre de cerro Azul, su historia se debe a un fenómeno natural que consiste en ponerse Azul los Cerros que rodean este lugar tanto en la mañana y en la tarde por esta razón lleva este nombre. En estas circunstancias, vino un primer poblador el sr. Jacinto pineda cuya actividad era aserrador de árboles y los Sres. Raúl Valarezo y Vicente Macas cual eran propietarios de los terrenos, vendían sus solares en el cual se construyeron casas mixtas y de madera que se denominaban ranchos poco a poco fueron llegando pobladores  de Zaruma, Chilla, Paccha y Pueblo Viejo, los nombres de estas familias eran: Victoriano Aguilar, Manuel Saca, Luis Aguilar, Hipólito Fernández, Jacob Pineda, Filoteo Vásquez, Nolberto Andrade, Carlos Arias, Roberto Andrade, Cornelio Macas y más familias como Bermeo y Ajila.

Habían fuentes de trabajo y su producción era: el ganado, queso, leche y carne en ese entonces todas las familias eran unidas todas trabajaban por un mismo objetivo, hubo la confianza total para la creación de un centro educativo en el año de 1980, llego una profesora llamada Rosa Córdova del Instituto de Santa Rosa, quien fue la primera en brindar sus conocimientos.

En aquel tiempo se produjo confusiones entre moradores  sobre la jurisdicción  que unos querían pertenecer al Cantón Santa Rosa,  ya que desconocían que esta población pertenecía al Cantón Atahualpa, se pidió la ayuda  a la tercera Administración encabezada por el Sr. Manuel Sánchez en el año de 1988, caso que se arregló con el Cantón Santa Rosa quedando sus límites hasta la comunidad de dos bocas se conoce con el nombre de quebrada Vargas – Sánchez.

Por un delegado de la Municipalidad del Cantón Atahualpa se pidió en asamblea extraordinaria a los señores presentes que era tan importante cambiarle el nombre para evitar confusiones con el otro Cerro Azul del Cantón Santa Rosa y se lanzaron propuestas: la primera fue Chontillales  porque existía gran cantidad de chontilla; la segunda era kilómetro 21 Km, esto es porque de Buenavista hasta este lugar hay 21 Km: la tercera fue San Juan se acordó por el patronato de Paccha y desde entonces se oficializo y se llama en la actualidad San Juan de Cerro Azul, en el periodo de la administración de 1992-1996-2000, le toco asumir la delicada responsabilidad a la corporación de Elicio que condujo a los destinos Municipales al Ing. Manuel Agustín Buele presidente, por primera vez a su visita a esta humilde comunidad donde sorpresivamente ofreció trabajar en los sagrados intereses de esta comunidad y darle todas las mayores atenciones para elevarla a categoría de parroquia y se empezó los tramites, obras que como parte de requisitos indispensables para elevar esta categoría, fueron obras construidas para bienestar del pueblo como son: baterías sanitarias públicas, cancha múltiple, alumbrado público, agua potable, mejoramiento de la cubierta de la escuela, urbanización y proyecto y alcantarillado sanitario.

En el transcurso de 1996-2000 se formó la primera junta Cívica la misma que fue de la siguiente manera: Presidente Sr. Juan Valarezo, Vicepresidente Nolberto Andrade, Tesorero Sr. Victoriano Dávila y secretario Sr. Jacob Pineda.

Tuvimos la visita del arquitecto Meza (SELIR) de comunicaciones de limites Internos del Ecuador; con este delegado tras por muchas gestiones realizadas por el alcalde de este periodo Ing. Manuel Agustín Buele, hubo una aprobación favorable a nuestra petición de elevar a categoría de parroquia, pero surgió un pequeño problema al no tener el número suficiente de familias, y mediante un escrito fuimos comunicados que teníamos que esperar cuatro años más para que salga al decreto ministerial en el cual seriamos comunicados cuando se cumpla el plazo acordado entre las autoridades.

Todo este proceso de parroquializacion fue gestionado por mucho tiempo y en ningún momento se perdió la esperanza ser parroquia. El Alcalde Ing. Manuel Agustin Buele no se había olvidado de aquel compromiso político de elevar esta comunidad en una nueva floreciente parroquia  la cual no alcanzando el tiempo acordado y se le acabo el periodo  en el cual asumió  la nueva administración y fue entregado este documento Registro Oficial No. 252, al nuevo Alcalde Abg. Jorge José Ruilova  Tinoco el día jueves 25 de Julio del 2001 y desde aquel entonces somos y seremos parroquia San Juan de Cerro Azul.